Jest chorobą polegającą na występowaniu komórek endometrium poza jamą macicy. Czyli fragmenty śluzówki macicy, występujące np. w zagłębieniu odbytniczo-macicznym (podobnie jak w każdym innym miejscu, takim jak np.: ściana jelit, mięsień macicy, ściana pęcherza moczowego, skóra, rana pooperacyjna) podlegają takim samym zmianom hormonalnym jak śluzówka jamy macicy, a więc cyklicznemu rozrostowi, krwawieniu i złuszczaniu. Powoduje to bóle, dyspareunię (bolesne stosunki płciowe), a także wtórne zrosty w jamie brzusznej, mogące doprowadzić do niedrożności jajowodów i niepłodności. W diagnostyce endometriozy, obok badań nieinwazyjnych: ginekologicznego i ultrasonograficznego, najistotniejszym jest badanie laparoskopowe.